Разработки ФЭИ по всем направлениям ведутся в кооперации со многими отраслевыми и академическими институтами России. Во многих проектах ФЭИ участвуют конструкторские и проектные организации Минатома. Технологии Физико-энергетического института реализуются в атомной промышленности, космической технике, судостроении и других отраслях.